Eekhoorn komt van het Proto-Germaanse aikwern. Dit is waarschijnlijk een samenstelling van aik (snel bewegen) en uoiuer (eekhoorn, knaagdier). Oorspronkelijk zou het staan voor “snel bewegend knaagdier”.
De wetenschappelijke naam voor eekhoorn, officieel ingevoerd in 1748, is Sciuridae: de gehoornde.